Moyashimon Belajar dan menghibur adalah dua kata untuk anime ini. Tadayasu, seorang mahasiswa yang memiliki kemampuan untuk melihat dan berbicara dengan microba ditemani temannya yang bernama Yuki ingin belajar lebih banyak dalam memanfaatkan para microba. Banyak kejadian konyol dan tidak masuk akal, tapi kita juga dapat seputar pengetahuan tentang microba yang menguntungkan dan merugikan, ada juga pengetahuan tentang fermentasi untuk pembuatan sake, keju dan lainnya. Unik ya?